Conforme al plan de desarrollo del Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación (IISUE) 2014-2018 la misión y visión del AHUNAM es la siguiente.
Tiene como objetivos fundamentales generar conocimiento riguroso y pertinente sobre la universidad y la educación en todos sus niveles y modalidades; conservar y promover el Archivo Histórico de la Universidad Nacional Autónoma de México (AHUNAM), así como formar investigadores y profesionistas especializados en los campos de estudio que le son propios. La investigación que lleva a cabo, fundada en aportes multi, inter y transdisciplinarios, permite abordar, desde diversas perspectivas, el fenómeno educativo en toda su complejidad. Por lo que toca al AHUNAM, además de organizar, sistematizar y resguardar la memoria de la Universidad y de importantes facetas del proceso educativo nacional, constituye una importante fuente de información para los estudiosos de nuestro pasado, ya que además de los fondos y colecciones universitarios, cuenta con un número considerable de series documentales sobre temas relativos a la historia sociopolítica del país, cuya consulta atrae a cuantiosos estudiantes y especialistas.
Por su prestigio, consolidado tras varias décadas de arduo trabajo, el IISUE se ha convertido en referente obligado de aquellos estudiosos dedicados a investigar el pasado y presente de la Universidad y la educación, tanto de México como de América Latina. Asimismo, la entidad destaca porque a través de sus productos de investigación y actividades docentes incide en las prácticas y políticas públicas vinculadas con la problemática educativa nacional.